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全球首款云计算平台来了!

来源:ebiotrade 作者:ebiotrade 责任编辑:admin 发表时间:2012-03-21 11:29 
核心提示:自从人类基因组计划以来,测序技术的进步可谓日新月异。过去倾全世界之力也需要耗时近10年才能完成的人类基因组测序,如今的新一代测序只需数日即可完成。

云计算,这个时髦的IT术语和生命科学有啥关系?实验技术的不断创新,使研究规模和可获得的数据量急剧扩增,当普通实验室计算能力已不足以应付日益庞大的数据分析时,云计算提供了解决之道。首个新一代测序云计算的诞生,不单将有助于解决数据瓶颈问题,更为未来的实验室数据分析指出新的方向。

自从人类基因组计划以来,测序技术的进步可谓日新月异。过去倾全世界之力也需要耗时近10年才能完成的人类基因组测序,如今的新一代测序只需数日即可完成。但是,新一代测序(NGS)系统的最大挑战之一是需要高性能的计算设施,以支持(庞大的)数据分析和储存。设想,以100-200bp的序列读长,要拼接出整个基因组,那需要多么庞大的数据分析和存储!以华大基因为例,仅仅是数据分析就号称有3000人的团队。普通实验室哪里能有这个计算能力!怎么办?

云计算解决之道

地位,为将新一代测序技术普及到普通规模实验室,又推出小型新一代测序Miseq。深明数据分析是新一代测序技术之瓶颈,清楚地认识到普通实验室缺少高性能计算设施支持庞大的数据分析和储存,Illumina最新推出了为生物学家打造的新一代测序云计算平台——BaseSpace。有了BaseSpace,实验室就能够省去维护IT设备带来的费用,从而更专注于研究。

一键式的分析工具,简化的数据分析,可快速轻松地查看结果,而无需专门的生物信息学资源。在MiSeq® 控制软件(MCS)中,只需在测序运行开始时选择使用BaseSpace来储存和分析。MiSeq仪器将数据从仪器无缝推送到云端——BaseSpace,进行自动化的分析和储存,立即与合作者随时随地共享数据,并储存无限的数据。同时可选择保留数据,进行本地托管和分析。行业标准的加密可提供安全保障。

在设计中充分考虑到生物学家的需求,BaseSpace一键式生物信息学应用程序可谓简单易用,能从原始数据中产生生物学相关且可操作的结果。BaseSpace输出文件是行业标准的,采用开放的格式,如bam(定位和比对)、vcf(变异体检出)、fastq(原始读取)和text格式。有了这些文件格式,您能将BaseSpace数据轻松导入您喜爱的科学软件工具进行进一步分析。(责任编辑:admin)

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