肿瘤研究新思路：基因芯片的应用

来源：基因快讯　作者：佚名　责任编辑：admin　发表时间:2012-01-17 07:24　

核心提示：经由上述试剂盒分离纯化的样品可以选用经典的Affymetrix 全基因组表达芯片或是最新的Affymetrix 全基因组Cyto HD芯片分析样品的DNA水平和mRNA水平差异，通过数据分析，并将两边的信息进行比对，找出共性的基因作为候选基因。

基因芯片又称DNA微阵列（DNA microarray），是一块带有DNA微阵列（micorarray）的特殊玻璃片或硅芯片，在数平方厘米之面积上布放数千或数万个核酸探针；检体中的DNA、cDNA、RNA等与探针结合后，借由荧光或电流等方式侦测。经由一次测验，即可提供大量基因序列相关资讯。它是基因组学和遗传学研究的工具。研究人员应用基因芯片就可以在同一时间定量的分析大量（成千上万个）的基因表达，具有快速、精确、低成本之生物分析检验能力[1]。生物通 www.ebiotrade.com
目前研究认为，肿瘤的发生和发展是一个复杂的多阶段的过程，实际是多种肿瘤相关基因表达失常或许多肿瘤抑制基因失活所致[2]。基因芯片作为一种大规模、高通量的基因研究方式，为研究肿瘤的发生和发展提供了强有力的工具。Affymetrix 芯片作为基因芯片的领导者，近年来广泛的应用于肿瘤的研究，包括了解肿瘤的发病机制，识别诊断和治疗肿瘤的新基因等。本文基于Affymetrix 技术为肿瘤研究者提供一条新的研究思路，包括从处理肿瘤样品，筛选相关基因到验证候选基因。

一、样品处理生物通

早期肿瘤组织可以采用Panomics的肿瘤细胞分离试剂盒，该试剂盒对肿瘤细胞的分离纯化过程非常温和，可以有效的保持肿瘤细胞的生物学功能。该试剂盒适用范围非常广泛，可以用于分离肿瘤组织、腹水以及癌性胸水等材料。纯化的肿瘤细胞可以直接用于作分子生物学分析和癌症的免疫治疗。

二、筛选相关基因生物通

经由上述试剂盒分离纯化的样品可以选用经典的Affymetrix 全基因组表达芯片或是最新的Affymetrix 全基因组Cyto HD芯片分析样品的DNA水平和mRNA水平差异，通过数据分析，并将两边的信息进行比对，找出共性的基因作为候选基因。

全基因组表达芯片在基因芯片技术中应用最为广泛，技术上也最为成熟。在肿瘤研究领域具有非常重要的应用价值，利用它可以随时获取肿瘤细胞生长各时期与肿瘤生长相关基因的表达模式，并为研究肿瘤发生发展中的基因开关及表达程度提供了强有力的工具。Affymetrix公司最早开展了这方面的研究，至今仍在该领域保持领先的地位，其经典的表达谱芯片Human genome U133 Plus 2.0包含了47,000个转录本，代表了38,500个明晰的人类基因，所提供的人类基因组表达信息可广泛应用于最新调控途径的发现，药物靶点的筛选，疾病机制的探索，毒理反应的分析和生物Marker的发掘等多个研究方向。Vitari [3]等在研究人类前列腺癌发生发展中采用了Human genome U133 Plus 2.0 芯片，并最终确证了一种抑癌蛋白COP1，该项研究成果发表于今年六月份的Nature杂志。生物通 www.ebiotrade.com

最新的Affymetrix 全基因组Cyto HD芯片适合产前诊断、产后筛查、癌症研究以及其他遗传疾病，具有三大优势：（1）以基因为中心进行芯片设计。覆盖超过34,000 RefSeq genes，880个碱基对中就有一个Marker；全基因组骨架(backbone)设计，非基因覆盖处每1,737个碱基对含有一个Marker。（2）业界密度最高的细胞遗传学芯片。含有超过270万种探针，包括 75万种可以分型的SNP探针和195万个拷贝数探针。（3）领先的基因覆盖率指标。100%覆盖国际细胞遗传学学会（ISCA）认可的基因，384碱基中就有一个Marker；100%覆盖癌症相关基因，553碱基中就有一个Marker；覆盖12,000 条OMIM基因，659碱基就有一个Marker；100%覆盖X染色体基因，486碱基就有一个Maker。整个实验流程非常简洁，可在3天内快速得出实验结果。

采用Panomics的QGP技术对候选基因进行筛查。该技术的样本不仅可以是多基因还可以是石蜡样本。Panomics的QuantiGene® Plex 2.0技术适用于多基因定量和拷贝数分析。该技术操作非常简单，可用细胞溶液或组织匀浆直接上样，无需抽提RNA或者DNA，每次可以检测1-36个目标基因，检测结果非常可靠。该技术已由FDA认证应用于HIV、HCV等分子诊断。索取更多资料生物通 www.ebiotrade.com

三、验证候选基因

采用Panomics的ViewRNA技术对候选基因进行组织特异性验证。该技术适用于石蜡样本。组织特异性表达后可以进行下一步的功能性研究。Quantigene® ViewRNA作为一种划时代的mRNA原位杂交分析技术，可在单细胞水平检测多个基因低至一个拷贝数的mRNA，在定量与结构细胞生物学水平原位检测多基因的mRNA，并具有极佳的信噪比。该技术操作步骤简单快速，无需任何特殊仪器。可采用显微镜载玻片和多孔盘测定模式。在抗体无法获得的情况下，对免疫细胞化学研究是极好的补充。索取更多资料生物通 www.ebiotrade.com

四、展望

基因芯片是近年来出现的分子生物学与微电子技术相结合的分析检测技术,具有可行性、高通量、微型化和自动化等特点,是后基因组时代基因功能分析的最重要的技术之一[4]。进入21世纪，基因芯片技术获得了迅猛的发展，为肿瘤研究提供了许多新方法和新思路。Affymetrix芯片通过技术创新，不断推出新产品以适应肿瘤研究的需要，为肿瘤生物学研究提供了一个强有力的武器。

(责任编辑：admin)

“扫一扫”关注融合网微信号

免责声明：我方仅为合法的第三方企业注册用户所发布的内容提供存储空间，融合网不对其发布的内容提供任何形式的保证：不保证内容满足您的要求，不保证融合网的服务不会中断。因网络状况、通讯线路、第三方网站或管理部门的要求等任何原因而导致您不能正常使用融合网，融合网不承担任何法律责任。

第三方企业注册用户在融合网发布的内容（包含但不限于融合网目前各产品功能里的内容）仅表明其第三方企业注册用户的立场和观点，并不代表融合网的立场或观点。相关各方及作者发布此信息的目的在于传播、分享更多信息，并不代表本网站的观点和立场，更与本站立场无关。相关各方及作者在我方平台上发表、发布的所有资料、言论等仅代表其作者个人观点，与本网站立场无关，不对您构成任何投资、交易等方面的建议。用户应基于自己的独立判断，自行决定并承担相应风险。

根据相关协议内容，第三方企业注册用户已知悉自身作为内容的发布者，需自行对所发表内容（如，字体、图片、文章内容等）负责，因所发表内容（如，字体、图片、文章内容等）等所引发的一切纠纷均由该内容的发布者（即，第三方企业注册用户）承担全部法律及连带责任。融合网不承担任何法律及连带责任。

第三方企业注册用户在融合网相关栏目上所发布的涉嫌侵犯他人知识产权或其他合法权益的内容（如，字体、图片、文章内容等），经相关版权方、权利方等提供初步证据，融合网有权先行予以删除，并保留移交司法机关查处的权利。参照相应司法机关的查处结果，融合网对于第三方企业用户所发布内容的处置具有最终决定权。

个人或单位如认为第三方企业注册用户在融合网上发布的内容（如，字体、图片、文章内容等）存在侵犯自身合法权益的，应准备好具有法律效应的证明材料，及时与融合网取得联系，以便融合网及时协调第三方企业注册用户并迅速做出相应处理工作。

融合网联系方式：（一）、电话：（010）57722280；（二）、电子邮箱：2029555353@qq.com dwrh@dwrh.net

对免责声明的解释、修改及更新权均属于融合网所有。